《超级为什么》的故事设定在名为“故事村”（Storybrook Village）的地方，这个村庄位于儿童图书馆书架后面。在故事村中，主要角色怀亚特·比恩斯托克（Whyatt Beanstalk）与他的朋友——吠吠（Woofster）、小猪（Littlest Pig）、小红帽（Red Riding Hood）和豌豆公主演（Princess Pea）一同生活。在每集节目中，主要角色之一（有时是两位，甚至是所有五位角色）会面临一个“超级大问题”、“超级大问题”或“超级大谜团”。他们会在书俱乐部（Book Club）讨论情况，并决定查阅一本著名故事的书籍来寻找解决方案。
超级读者的目标是跟随书中的情节发展。随着故事的进行，他们会遇到各种障碍，这些障碍可以通过运用识字技能来解决，以改变故事。每当他们克服一个障碍时，就会获得红色闪亮的“超级字母”（Super Letters），这些字母组成了解决问题的答案。
冒险结束时，超级读者会飞回书俱乐部。超级字母会显示在巨大的电脑萤幕上，并拼写出“超级故事答案”。然后，超级读者中的一位会解释为什么该特定的单词或短语能够解决他们的问题或谜团。[7]